O Departamento de Ciência da Computação foi criado para ofertar, no Campus Avançado de Natal da Universidade do Estado do Rio Grande do Norte, o curso de Bacharelado em Ciência da Computação, que iniciou as aulas da primeira turma no dia 2 de setembro de 2002, na Zona Norte da capital.

Com a formação do departamento, ampliação das turmas e do corpo docente, foram iniciadas também as atividades de pesquisa e extensão.

Em 2006, o Departamento de Ciência da Computação passou a oferecer o seu ensino de excelência, bem como a realizar suas atividades de pesquisa e extensão também nos Núcleos Avançados de Educação Superior de Nova Cruz e de Santa Cruz, com a oferta de vinte vagas para os cursos de Ciência da Computação nessas cidades.

Em 2008 teve início o Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, tendo como base uma parceria, no modelo de Associação Ampla, entre a Universidade do Estado do Rio Grande do Norte – UERN, através do Departamento de Informática (Campus Central) e do Departamento de Ciência da Computação (Campus Avançado de Natal), e a Universidade Federal Rural do Semi-Árido – UFERSA. A infraestrutura é compartilhada entre as duas instituições, permitindo aos alunos assistirem às aulas, desenvolverem seus projetos de pesquisa e terem acesso aos laboratórios, bibliotecas, salas de aula, auditórios, salas de professores, instalações para alunos e demais recursos em tempo integral tanto na UERN, no Campus Central e no Campus Avançado de Natal, como na UFERSA.

No ano de 2013, o Departamento de Ciência da Computação iniciou a oferta, também no Campus Avançado de Natal, do curso de Bacharelado em Ciência e Tecnologia, oferecendo 50 vagas anuais. Encerrando a oferta deste curso, no ano de 2015, quando foi criado o Departamento de Ciência e Tecnologia, que passou a oferta-lo, com o apoio do Departamento de Ciência da Computação.

Em 2018, o curso obteve o Conceito 4 (de no máximo 5) no ENADE (Exame Nacional de Desempenho de Estudantes). Uma conquista de todos que compõe o curso e a UERN. Depois fomos 4 também no Guia das Faculdades.